Sous l'autorité directe du Ministre, le secrétaire Général assure la coordination des activités des directions du ministère et ce en vue de réaliser l'ensemble des actions concourant à mettre en œuvre la politique générale et les compétences sectorielles du département. Il a sous son autorité deux services, une direction et trois directions générales :

·le Service de l'Audit et du Contrôle Interne .

·la Direction des Examens et Concours.

·le Service de l'Orientation des Élevés.

.la Direction Générale de l'Administration 

·la Direction Générale de l'Enseignement.

·la Direction Générale de l'Enseignement Techniqueet Professionnelle.